La Universidad Cooperativa de Colombia es una corporación civil sin ánimo de lucro de carácter privado, interés social y utilidad común, perteneciente al sector de la Economía Solidaria en calidad de institución auxiliar del cooperativismo, dedicada a la Educación Superior. Su estructura organizativa permite a los miembros de la comunidad universitaria realizar un sistema de actividades académicas y de gestión coordinado de forma consciente en función de los objetivos institucionales.
La Asamblea de Miembros es la máxima instancia de gobierno, está conformada por la Cooperativa Multiactiva Nacional COMUNA, la Fundación LOS ALMENDROS, la Cooperativa de trabajo Asociado LA COMUNA, la Corporación para la Educación y el Desarrollo de Antioquia CORPAEDA, la Fundación Universitaria MARÍA CANO y CÉSAR PÉREZ GARCÍA como miembro benefactor.
En esta instancia se formulan las políticas generales para el buen manejo académico y administrativo de la corporación, se analizan y aprueban los balances de la gestión, se designan los miembros del Consejo Superior, se elige al Rector y al Revisor Fiscal y de acuerdo con la ley se aprueba la distribución de excedentes.